نگهداری توده کود مرغی در فضای باز و در معرض باد و باران موجب هدر رفتن ازت آن به شکل گاز آمونیاک می شود و بوی تند کود مرغی حاصل تصعید گاز آمونیاک می باشد و در نتیجه ارزش غذایی کود مرغی از نظر ازت کاهش می یابد.
برای کاهش خروج گاز امونیاک و بوی تند کود مرغی و کاستن تلفات روان آب فسفر و عناصر غذایی کم مصرف، کود مرغی را با مصرف سولفات آلومینیوم اصلاح می کنند.
برای حفظ ازت کود مرغی و کاهش بوی گاز آمونیاک و تلفات ازت مصرف کود سوپر فسفات تریپل به مقدار 50 کیلوگرم به ازای هر تن کود مرغی استفاده می شود. فسفات با آمونیوم کود مرغی ترکیب شده و از هدر روی ازت مرغی جلوگیری می کند.
زمان و نحوه مصرف کود مرغی نیز مهم است. در فصول مختلف سال کود مرغی را در مزارع مصرف می کنند. در کشت های بهاره، با مصرف آن در فصل پائیز بیشترین زمان برای تجزیه کود مرغی و آزاد سازی عناصر غذایی موجود در آن فراهم می گردد.
کاربرد کود مرغی در فصل پائیز به منظور جلوگیری از هدر رفتن ازت در خاک های بافت سبک توصیه نمی شود.
در کاربرد آن در فصل بهار برای هدر روی ازت در مزرعه فرصت کمی وجود دارد. بهر حال مصرف آن در فصل بهار انجام عملیات زراعی و کاشت را به تاخیر می اندازد و می تواند موجب افزایش فشردگی خاک شود.
در بیشتر مواقع کود مرغی را در فصول تابستان و زمستان مصرف می کنند و هنگام مصرف کود مرغی در قبل از کاشت، مخلوط کامل آن با شخم زدن خاک برای اجتناب از قرار گرفتن بذرها در محل دارای کود مرغی زیاد توصیه می شود.
در کشت پسکار و پیشکار مناطق جنوبی که زیر سازی و آماده سازی حدود 45 روز قبل از کشت ممکن است صورت بگیرد، کود مرغی و کود گاوی با هم مخلوط می شوند، بر اساس آزمون خاک، افزودنی های لازم هم به این مخلوط اضافه می شوند. سپس این مخلوط یا با خاک پشته و خاک مزرعه مخلوط می شوند یا در عمق شیار قرار می گیرند.
درنهایت پس از اینکه پشته یا شیار ایجاد شد، روی ردیف، نایلون کشیده می شود و آبیاری انجام می شود تا کود مرغی، گرما و رطوبت و قارچ کش های اضافه شده عوامل بیمارگر را از بین ببرند.
به هر حال کود مرغی هم قبل از کشت و هم بعد از کشت می تواند مصرف شود. بنابراین مصرف کود مرغ به صورت سرک (مصرف در زمان داشت) نیز می تواند انجام شود در این حالت اگر نحوه آبیاری شما غرق آبی باشد کافی است کود مرغی را داخل یک گونی ریخته و در مسیر آب کرت قرار دهید یا کود مرغی مایع را بصورت تزریق یا همراه آب آبیاری پای بوته برسانید. همچنین می توانید در فصل بهار که بارندگی وجود دارد و یا آبیاری شما بارانی است پای هر بوته حدود یک مشت کود مرغی بریزید.

کود مرغی شامل انواع خام و پلیت و مایع است. کود های مرغی خام اگر پوسیده نباشند حتما حاوی بذر انواع علف های هرز، قارچ و باکتری هستند و حتی می توانند آن مزایای تغذیه ای که گفته شد را نداشته باشند. زیرا باید حدود 4 ماه تا یکسال (بسته به شرایط) به حالت دپو بمانند تا عناصر موجود در آنها توسط فرایندهای بیولوژیکی و شیمیایی در به فرم قابل دسترس تبدیل شوند و بذر علف های هرز و عوامل بیماری زای آنها نیز از بین بروند. همچنین گیاهسوزی بسیار بیشتری دارند چون آمونیاک بیشتری دارند. بنابراین اگر کود مرغی خام استفاده می کنید بهتر است پوسیده باشد.
اما کودهای مرغی پلیت شده طی یک فرایند گرمایشی، بذر های موجود کود، عوامل قارچی و باکتریایی آنها از بین رفته است. و این مشکلات را ندارند. بنابراین اگر کود مرغی تون پوسیده نیست بهتر هست از نوع پلیت شده استفاده کنید.
کود مرغی مایع که حاوی عصاره و عناصر موجود در کود مرغی است، معمولا دارای pH بهتری است و عناصر فسفر، روی، منگنز و آهن را بهتر تامین می کند. و در دو حالت مصرف آن توصیه می شود: اول اینکه در زمان رشد رویشی و حتی زایشی می توان به جای کود کامل همراه با آب آبیاری و بصورت تزریق استفاده کرد دوم اینکه می توان قبل از کشت روی کود گاوی دپو شده ریخت و مخلوط ایجاد شده را برای زیر سازی استفاده کرد.