نگهداری و استفاده از بانک بذر معایبی نیز دارد از جمله:
_ بذرهای ارتودوکس (بذرهاي ارتدكس داراي رطوبت پاييني هستند و يا ميتوانند تا رطوبت پاييني خشك شوند مانند گندم، جو و…) را به این روش می توان نگهداری کرد اما بذرهای ریکالسیترانت (بذرهايي هستند كه توانايي تحمل خشک شدن برای نگهداری را ندارند مثل کلزا و سایر دانه های روغنی) را نمی توان به این شیوه به مدت طولانی نگهداری کرد،
_ بذر ممکن است صددرصد نماینده ژنتیکی والدین خود نباشد
_ و اینکه کاهش قوه نامیه در اثر شرایط نامساعد وحذف بخشی از ژرم پلاسم نیاز به تجدید بذر به صورت دوره ای دارد.
در این بانک ها برحسب هدف نگهداری از بذر، 3 نوع بانک مشاهده میشود:
_ کوتاه مدت: کلکسیون در حال کار در دمای 10-5 درجه وبه مدت 3تا 5 سال
_ میان مدت :کلکسیون های فعال در دمای صفرتا 5 درجه وبه مدت 15-10 سال
_ بلند مدت: کلکسیون های پایه که در دمای 18- تا 20- درجه به مدت 50 سال وبیشتر
یکی از بزرگترین بانک ژن های موجود در ایران، بانک ژن دانشکده پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران است که در سال 1311 با تلاشهاي مهندس عدل و مهندس عطایی بنا نهاده شد. با وجود زحمتها، مشکلات و مسایل فراوان، سایر گونه های محلی گندم از تمام نقاط مختلف ایران جمع آوری شد. این گونه های بومی نزدیک به 36 هزار گونه بود که هیچ کدام اصلاح شده نبودند. به هر ترتیب آنچه که مهم است اینکه امروزه ۳۱ هزار نمونه ژنتیکی و ۱۵ هزار منبع ژنتیک گندم و حبوبات نیز در بانک ژن دانشکده کشاورزی دانشگاه تهران وجود دارد.
ایران در محل پیدایش تنوع و منابع ژنتیک قرار دارد و در این زمینه بسیار غنی و دارای تنوع گسترده ای است، اکنون حدود ۷۰ هزار گونه گیاهی در بانک ژن گیاهی ایران نگهداری می شود. بنابراین کشور ما میتواند یکی از کشور های دارای پتانسیل مناسب برای اصلاح گیاهان با اهداف مختلف باشد